Главный герой мультсериала «Мононокэ» - таинственный аптекарь, который странствует по Японии. Парень занят не столько торговлей снадобьями и заработком денег, сколько борьбой со злыми духами, которые называются мононокэ. Эти духи не рождаются в человеческом мире. Мононокэ приходят сюда и существуют среди людей, благодаря человеческим порокам и слабостям. Зависть, насилие, обман, воровство – все это рождает злых бесов, которые терроризируют праведников и заставляют их совершать злодеяния. Чтобы уничтожать мононокэ, аптекарю нужно знать их форму, сущность и желание. Поэтому перед тем как исполнить свои обязанности по изгнанию духов, то есть взять на себя роль экзорциста, главному герою сперва приходится выступать в роли детектива и исповедника.