Мультсериал «Годзилла: Сингулярность» рассказывает о гигантских монстрах, которые прячутся в глубинах океана. Оказавшись на суше, монстры разрушают все, что попадется им на пути. Самый опасный из них - Годзилла, с которым не может справиться ни одно оружие. Сейчас Годзилла прячется на дне океана, и люди в страхе ждут, когда он снова выйдет на сушу. Лучшие ученые со всего мира ищут способ, как уничтожить Годзиллу раз и навсегда. Главная героиня – женщина-ученый Камино Мэй, которая также работает над этой непростой задачей. Ей помогает молодой парень по имени Арикава, гениальный инженер и разработчик, который уверен в том, что можно найти способ уничтожить Годзиллу, а также других монстров. Годзилла восстает из морской пучины, и начинается большая война…