События фантастического мультсериала «Доктор Стоун» разворачиваются в далеком будущем, когда на Земле не осталось ни одного живого человека после странной эпидемии. Много веков назад, в один роковой день произошло нечто невероятное – все люди на Земле заразились неизвестной науке инфекцией и превратились в каменные мертвые статуи. Теперь, спустя много лет, старшеклассник Тайдзю освобождается от окаменения и оказывается в окружении статуй. Однако Тайдзю не одинок: его другу Сэнку также удалось сбросить каменную оболочку. Друзья пытаются понять, как им удалось вернуться к жизни. И теперь, используя научные знания, главные герои начинают возвращать к жизни людей и восстанавливать былую цивилизацию.