Главные герои мультфильма «Ниндзя в клеточку 2» - Аске и его друг тряпичная кукла, которым недавно удалось отправить за решетку злодея, который на своем заводе до смерти избил мальчишку. Друзья узнают, что злодею Филиппу Эпперминту удалось откупиться, и его выпустили из тюрьмы. Аске и Ниндзя в клеточку не могут этого допустить, ведь преступник должен сидеть за решеткой. Друзья покидают Данию, чтобы отправится в Таиланд, где они узнают, что все доказательства вины Филиппа Эпперминта пропали. Главным героям нужно найти все бумаги, но сделать это будет на так просто, ведь друзья-головорезы злодея уже знают, что Аске и Ниндзя в клеточку прибыли в Таиланд.