События мультфильма «Сокровища затонувших кораблей» разворачиваются в пионерском лагере «Бригантина» где-то на живописном берегу Черного моря. Там двое советских ребят заводят дружбу с негритенком по имени Мвамба. Однажды туда приезжает старый профессор Карпов, чтобы прочитать ребятам лекцию под названием «Тайны моря». Завороженные дети поражены историями профессора Карпова о кораблях, которые затонули в этом море. Из лекции ребята узнают о затонувших судах, полных золота и драгоценных камней. Храбрый негритенок предлагает своим друзьям отправиться на поиски кораблей. Главные герои отправляются в полное приключений подводное путешествие, в котором они обязательно найдут настоящие сокровища.