Главные герои мультфильма «Эволюция Черепашек-ниндзя» – знаменитые борцы за справедливость Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело. Каждый день смелые черепашки-ниндзя выходят на улицы своего города бороться с разношерстными злодеями, и все ради того, чтобы обычным людям спокойно спалось. Однажды черепашки встречают таинственного незнакомца из будущего. Мужчина в черном прибыл, чтобы просить у этих смелых ребят помощи в борьбе с ужасным инопланетным чудовищем, которое хочет поработить человечество. Главные герои берутся за самое сложное дело в своей жизни…