События мультфильма «Пиноккио 3000» разворачиваются в далеком будущем, в футуристическом городе Скамбовилле. Там среди огромных небоскребов стоит маленький деревянный домик-мастерская с садиком, в котором живет создатель удивительных механизмов мастер Джузеппе. Он всю жизнь мечтал о сыне, и теперь его давняя мечта сбылась. Вместе со своим ассистентом кибер-пингвином Джузеппе создает маленького очаровательного мальчика, скорее даже супер-робота, и дает ему имя Пиноккио. Благодаря мощному микропроцессору, над которым хорошенько потрудился кибер-пингвин, металлический мальчик умеет смеяться, говорить, петь, танцевать, а самое главное – учиться и развиваться. И скоро у Пиноккио появляется мечта – стать живым мальчиком с настоящим сердцем.