Главные герои мультсериала «Бессонница после школы» – подросток Ганта Наками и его одноклассница Исаки Магари, у которых общая проблема. Они страдают от невыносимой бессонницы. Ганта и Искаи обеспокоены своим недугом, ведь он мешает нормально жить и учиться. Как-то раз друзья решают прогулять один урок, к которому они не смогли подготовиться. Ганта и Искаи идут в школьную обсерваторию, которая много лет уже не работает. Туда все боятся заходить: ходят слухи, что по помещению той обсерватории бродит призрак учителя астрономии, который умер здесь десять лет назад прямо во время урока. Подростки заходят в помещение и сразу засыпают. Друзья замечают, что обсерватория – единственное место, где они могут поспать. С того дня между главными героями начинают развиваться необычные отношения.