События мультфильма «Мастера меча онлайн: Прогрессив. Скерцо глубокой ночи» разворачиваются в будущем, когда технологии достигли такого уровня, что человек способен заблокировать работу всех органов чувств. Это позволяет полностью погружаться в виртуальный мир. Столь высокий уровень погружения теперь используется также в компьютерных играх. Главные герои – подростки Кирито и Асуна, которые играют в одном клане. Ребята побеждают очередного босса, проходят через ворота и оказываются на пятом этаже. Друзья видят вокруг себя странные руины и катакомбы, выбраться из которых без союзников невозможно.