Главный герой мультсериала «Котаро живет один» – пятилетний мальчик, которому страшно не повезло стать сиротой. Котаро совсем один в этом большом городе, у него нет крыши над головой, друзей и поддержки. Сейчас мальчик пытается найти себе новый дом, ведь старая заброшка, в которой он жил раньше пошла под снос. Долгие поиски приводят Котаро в недостроенный небоскреб. Вскоре мальчик узнает, что здесь у него есть сосед – никому ненужный художник манги Сина Карино. Так начинается дружба маленького мальчика и старого мангиста. Каждый день они борются за выживание, а вечерами придумывают сюжеты для манги. А Сино Карино все больше удивляется этому мальчишке, который приспособлен к жизни лучше, чем он.