Фильм «Сергий против нечисти. Яга» – это продолжение истории бывшего священника, который имеет уникальную способность очищать мир от потусторонней чертовщины, и за это его отстранили от служения Богу. Сергий вместе со следователем Екатериной ведут борьбу против разношерстной сказочной нечисти. Катин коллега, капитан полиции Кракин, случайно оказывается в потустороннем мире нечисти. А случается это в тот момент, когда Сергий с Катей хотели отпраздновать победу над Вием. И так происходит, что Сергий начинает подозревать свою напарницу в сговоре с нечистой силой. Однако бывший священник готов на все, чтобы спасти любимую напарницу и вытащить из темного мира капитана Кракина. Бывший священник решается на опасный шаг – сделку с Бабой Ягой.