Главный герой фильма «Таможенная война» – командир отряда гонконгских таможенных агентов Чжо Лин Лай, который получает информацию о том, что грузовое судно, направляющееся из Африки, пропало в море. Совсем скоро корабль находят у берегов необитаемого острова и Чжо Лин Лай со своими подчиненными отправляется туда, чтобы разобраться в происшествии. Прибыв наместо, таможенники находят всех членов экипажа убитыми. Вот только среди убитых нет капитана, и он становится главным подозреваемым. Однако самым страшным становится то, что на борту судна обнаруживается большая партия нелегального оружия. Все это вынуждает главного героя обратиться за помощью в Интерпол…