События многосерийного анимэ «Куда едет поезд судного дня?» разворачиваются в маленьком японском городке, в котором при странных обстоятельствах с недавних пор пропадают люди. Это стало происходить после непонятного технологичного феномена, причиной которого, вероятно, стали секретные эксперименты. Главная героиня – ответственная старшеклассница Сидзурэ Тикура, у которой пропадает лучшая подруга. Девушка вместе с тремя одноклассницами отправляется искать ее на старом товарном поезде, который находится в ужасном состоянии. Сидзуру Тикура и ее подруги не знают, что ждет их в этом путешествии, выполнят ли они миссию и вернуться ли домой?