Главные герои многосерийного анимэ «Маленький гражданин» – старшеклассники Джигоро Кобато и Юки Осанаи, которые всегда вместе. Может показаться, что они влюблены друг в друга, но на самом деле их связывает тяга к разгадыванию всяких тайн. Год назад ребята ввязались в одно темное дело и столкнулись с чем-то ужасным, из-за этого их семьи переехали в другой город. Джигоро и Юки ходят в другую школу, стараются оставаться обычными подростками и больше не связываться с тем, что может нанести вред. При самых таинственных обстоятельствах начинают пропадать новые одноклассники главных героев, и они не могут оставаться в стороне, поэтому берутся за расследование.