Тьма окутала весь Нью-Йорк. Именно сюда пришёл всем известный Шреддер, с ним огромная армия злых Футов, которые готовы уничтожить всё по его приказу. Шреддер купил всех, он контролирует все сферы деятельности, все политики и полицейские готовы работать с ним. Будущее замечательного города в плохих руках. Именно в такой тяжёлый момент на поверхность выходят четыре героя, черепашки-ниндзя.