События фильма «Секретный фарватер» разворачиваются в 1944-м году, когда в войне произошел сильный перелом и в победе уже никто не сомневался. Немцы стремительно отступают на Запад, но есть и такие места, где ничего значимого не происходит. В Балтийском море тихо и спокойно. В центре сюжета – экипаж катера-торпедоносца, которым командует Борис Шубин. Моряки отправляются на очередное патрулирование территории, но в этот раз натыкаются на фарватер субмарины без опознавательных знаков. Никто не сомневается, что это немецкая подводная лодка. Однако главные герои еще не знают, что это новейшая разработка немецких конструкторов.