Действия картины «Секретные материалы: Борьба за будущее» происходят в Техасе. Взрыв уничтожает здание. Расследование ведут Малдер и Скалли. Они-то и выясняют, что всему виной тайный заговор, который опаснее всего, с чем они встречались раньше. Герои рискую жизнями, лишь бы уничтожить опасный вирус, способный заразить все живое на планете, возможно появившийся по вине пришельцев. Гонясь за правдой, они выходят на след загадочного синдиката, в состав которого входят могущественные люди, не перед чем не готовые остановиться. Люди, посланные синдикатом, гонятся за агентами по техасской пещере…